Фамилия Елисовенко — типичный пример восточнославянской фамилии, образованной от крестильного имени. В её основе лежит имя Елисей, которое пришло на Русь вместе с христианством. Древнееврейское значение имени — «спасенный Богом». Однако в фамилию легла не полная, а производная, разговорная форма — Елис. Такое усечение основы (Елисей → Елис) — обычное дело в народной среде, где имена часто сокращали для удобства в быту.

Сам по себе суффикс -енко указывает на украинское или белорусское происхождение фамилии. В этих землях суффикс -енко был основным патронимическим показателем, означающим «сын» или «потомок». Таким образом, Елисовенко — это буквально «сын Елиса», то есть потомок человека по имени Елис (из Елисея). Если бы фамилия осталась в великорусских говорах, она, скорее всего, звучала бы как Елисов.

Интересна социальная подоплёка. В среде украинского и белорусского казачества и крестьянства фамилии на -енко получили распространение позже, чем боярские и дворянские на -ов/-ев. Поэтому можно предположить, что основатель рода Елисовенко был выходцем не из знати, а из рабочей или крестьянской среды. В церковной среде имя Елисей почиталось благодаря библейскому пророку, который, согласно преданию, был учеником Илии и служил при шести израильских царях. Но в быту это имя не было столь популярно, как Иван или Пётр, что делает фамилию Елисовенко достаточно редкой и локальной.

Вероятно, фамилия сложилась в тот период, когда украинские и белорусские земли входили в состав Речи Посполитой, а затем — Российской империи. Именно там, в юго-западных губерниях, форма Елисовенко закрепилась окончательно, в то время как на севере и востоке России потомки того же Елисея получили бы фамилию Елисеев.