Фамилия Елисин — это отчество, образованное от имени Елисей. В основе лежит древнееврейское имя, которое через греческое посредничество вошло в русскую культуру со значением «желанный», «чудесный» или «красивый». Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе имени, указывая на принадлежность («чей?» — сын Елисея). Такой способ словообразования был особенно распространён в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ин активно закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, особенно в северных и центральных губерниях.

Интересно, что фамилия Елисин встречается реже, чем более распространённые однокоренные варианты — Елисеев или Елисов. Это говорит о том, что её носители, вероятно, происходят из конкретной местности, где закрепилась именно эта форма. В говорах имя Елисей могли произносить как Елися или Елиса, отсюда и основа Елис- с суффиксом -ин. В некоторых диалектах фамилия могла писаться через «о» — Елисин, но произношение оставалось тем же.

Социальный контекст: в отличие от дворянских фамилий, которые часто образовывались с суффиксом -ов/-ев, фамилии на -ин чаще носили крестьяне и мещане. Поэтому предки современных Елисиных с высокой вероятностью были крестьянами или ремесленниками. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-западным областям, где форма на -ин особенно популярна.

Если говорить о спорных версиях, то иногда Елисин связывают с прозвищем от слова «елис» (возможно, диалектное название растения или рыбы), но это маловероятно: подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от имён, а не от нарицательных слов. Правдоподобнее всего держаться версии от имени Елисей, которая подтверждается и словообразовательной моделью, и историей бытования фамилии.