Фамилия Елшыбаев — одна из тех, где ключ к разгадке лежит не в славянских корнях, а в тюркском ономастиконе. Её основа — мужское имя Елшыбай, которое образовано по продуктивной для казахского, башкирского и татарского языков модели из двух компонентов: «елшы» (посол, вестник, либо «народный», от «ел» — народ, страна) и «бай» (богатый, хозяин, господин). Таким образом, имя-основа могло означать «богатый послом» или «народный богач», но в кочевой среде чаще всего давалось с пожеланием, чтобы мальчик стал уважаемым человеком, «послом» своего рода, и жил в достатке.

Русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих) присоединился к тюркскому имени по стандартной модели русификации фамилий в XIX–XX веках. Фамилия Елшыбаев буквально означает «сын Елшыбая» или «из рода Елшыбаевых». Такие фамилии массово возникали при переписях и выдаче паспортов, когда нужно было закрепить родовое прозвище за целой семьёй.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается за пределами тюркоязычных регионов России и Казахстана. Наибольшая концентрация носителей — в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в Западном Казахстане. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, башкирами или казахами, принявшими русскую фамилию в период административного учёта. В отличие от многих фамилий на -ин, которые могли возникнуть от прозвищ, здесь мы имеем дело с прямой патронимией от личного имени, что делает этимологию прозрачной и надёжной.

Спорных версий у этой фамилии практически нет. Соблазнительно связать «елшы» с русским «ель» или «елша» (ольха), но это ложный след: ударение в слове «Елшыбай» падает на последний слог, и корень явно не славянский. Единственная вариация — написание через «ы» (Елшыбаев) или через «и» (Елшибаев), что зависит от диалектного произношения и правил транслитерации в документах. Первый вариант — более точный фонетически и встречается чаще.