Фамилия Елтратов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская, но оформлена типичным русским суффиксом -ов. Это главное, что бросается в глаза: корень «Елтрат» явно не от древнерусского имени или прозвища, а попал в русскую среду через татарское, башкирское или казахское влияние. Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским словом «илтер» или «елтер» — в древнетюркском это титул, означающий «владыка племени», «князь» или «наместник». Форма «Елтрат» могла возникнуть как русифицированное произношение имени Илтер (или Елтер) с добавлением звука «т» для удобства — в русской среде тюркские имена часто адаптировали, меняя окончания.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Елтратов буквально значит «сын Елтрата» или «из рода Елтрата». Модель образования типична для XVI–XVII веков, когда русские фамилии активно складывались у служилых людей, в том числе из татарской знати, переходившей на службу московским князьям. Предок-носитель такого имени мог быть выходцем из ордынской аристократии, получившим поместье и осевшим в центральных или южных уездах России. Второй, менее вероятный вариант — что основа связана с тюркским словом «ел» (народ, страна) и «трат» (искажённое «тарат» — разгонять, распространять), что могло дать прозвище вроде «народный вождь» или «распространитель власти», но это уже домыслы без твёрдой лингвистической опоры.

В русских архивных записях фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. Географически можно предположить связь с регионами, где исторически было сильное татарское влияние — Поволжье, Оренбуржье, юг Урала. В отличие от более частых фамилий на -ин (Елтратин), вариант на -ов закрепился именно в среде, где преобладала модель «имя отца + ов», то есть у крестьян и однодворцев, а не у духовенства или дворянства. Споров о происхождении почти нет: альтернативные версии (от греческого или финно-угорского корня) не выдерживают критики из-за отсутствия параллелей в этих языках.