Фамилия Елупахина — женская форма фамилии Елупахин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Елупаха. Его происхождение чаще всего связывают с древним именем Елуп, которое восходит к греческому слову со значением «хорошо плавающий». В русской ономастике такая цепочка не редкость: от греческого по происхождению имени через народную форму возникло прозвище, а от него — фамилия.

Есть и другая версия: именование Елупаха могло быть женским прозвищем, образованным от имени мужа Елуп. В старом русском быту жену нередко называли по мужу, добавляя к его имени или прозвищу характерный суффикс. Если это так, то прозвище Елупаха сначала относилось к женщине, а затем закрепилось за её детьми как фамильное.

Суффикс -ин в фамилии Елупахин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или дочь Елупахи. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на -а или -я. Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и поволжских регионах России, что косвенно подтверждает её происхождение от местного прозвища, а не от массово распространённого церковного имени.

Таким образом, фамилия Елупахина хранит память о прозвище предка — либо искусного пловца, либо человека, носившего греческое имя Елуп, либо женщины, известной в округе по имени мужа.