Фамилия Эмкин — яркий пример того, как короткое слово может скрывать за собой несколько совершенно разных историй. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван → Иванов, Пётр → Петров), основа «Эмк-» не встречается в православных святцах. Это сразу указывает на нецерковное, мирское происхождение.

Самый прямой и вероятный путь — от древнерусского некалендарного имени или прозвища Емка (Эмка). В старину «ять» и «емлить» означали «брать, хватать». Емкой могли назвать цепкого, хваткого человека, который не упускал своей выгоды. Или, наоборот, сборщика дани, мытаря — того, кто «емлет» подати. Фамилия Эмкин в таком случае означает «сын Емки» или «потомок Емки». Суффикс -ин здесь стандартный для русской модели: от слов на -а, -я образуются фамилии с этим суффиксом (Емка → Эмкин, как Кузьма → Кузьмин).

Вторая версия ведет к тюркским корням, что для южных и восточных регионов России вполне обычно. В тюркских языках слово «эм» или «ем» означает «лекарство», «врачевание». Соответственно, Эмке — это лекарь, знахарь. В таком случае фамилия Эмкин могла указывать на род занятий предка: потомок того, кто лечил людей травами и заговорами. Эта гипотеза менее распространена, но имеет право на существование, особенно если носители фамилии родом из Поволжья или Приуралья.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в нескольких губерниях, но нигде не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что она возникала независимо в разных местах — везде, где жил какой-нибудь Емка. Интересно, что написание через «Э» (а не «Е») — скорее всего, позднее, книжное. В старых документах её могли писать как «Емкин» или «Ямкин», и лишь с унификацией церковнославянского произношения закрепилась форма с «Э».

Сравнение с фамилиями-ровесниками: Ежов (от Еж), Ершов (от Ерш), Есаулов (от Есаул). Эмкин стоит в том же ряду прозвищных фамилий, но его основа гораздо реже. Если Ершовых в России десятки тысяч, то Эмкиных — единицы. Для носителя это означает, что его родословная, скорее всего, восходит к одному конкретному человеку, получившему яркое прозвище, а не к распространённому имени.