Фамилия Емонова — женская форма, мужской вариант — Емонов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Емон. Скорее всего, оно восходит к диалектному глаголу «емонить» — в некоторых говорах так говорили о том, кто тянет, медлит, капризничает, или же о том, кто говорит невнятно, «емлит». Человек, получивший такое прозвище, мог быть неторопливым или ворчливым. Вторая версия, менее вероятная, связывает корень с тюркским «емен» — дуб, но для русской фамилии такое заимствование маловероятно без дополнительных следов в соседних прозвищах.

Модель образования простая: к основе Емон прибавили патронимический суффикс -ов. Это типичная модель для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках: сын Емона становился Емоновым. Фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает её связь с местными говорами, а не с книжным или церковным именем.

По сословию предки Емоновых могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ов без дворянского суффикса -ский редко указывают на высокое происхождение. В документах фамилия не фиксировалась в боярских списках, что тоже говорит в пользу её «низовой» природы. Если искать однокоренные фамилии, то это Емонин, Емочкин — все они образованы от той же диалектной основы, но с разными уменьшительными суффиксами.