Фамилия Емщин — редкий образец, где прозвище, лёгшее в основу, не имеет однозначного толкования. Словообразовательная модель проста: к основе «Емщ-» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ин», указывающий на «сына Емщи» или «человека из семьи Емщи». Само прозвище Емща, по версии лингвистов, связано с глаголом «емать» — «брать, собирать, взымать». В словаре В. И. Даля зафиксировано и однокоренное «емак» — «съемщик, откупщик, арендатор». Отсюда две основные версии происхождения фамилии.

Первая, самая вероятная: Емщей называли сборщика податей или налогов — человека, который «емлет» (берёт) пошлину. Вторая версия — прозвище по характеру: «емать» означало также «схватиться, бороться», поэтому Емщей могли прозвать вспыльчивого, несдержанного человека. Обе гипотезы не противоречат друг другу — прозвище могло сначала закрепиться за должностью, а потом перейти в характеристику поведения.

В отличие от фамилий на «-ов/-ев», модель на «-ин» чаще встречается в северных и центральных регионах России, но точную географию бытования фамилии Емщин установить трудно. Известны случаи, когда фамилия писалась через «ё» — Ёмщин, что связано с диалектным произношением. В любом случае, это не дворянская фамилия, а типичное родовое именование, возникшее в крестьянской или посадской среде не позднее XVII века.