Фамилия Эндикова — женская форма фамилии Эндиков, и её разбор лучше начать с редкости. В русском ономастиконе фамилии на -иков встречаются нечасто, и это сразу указывает на нерусское или диалектное происхождение основы. Эндиков, скорее всего, образован не от полного крестильного имени, а от прозвища или тюркского имени Эндик.

Самая вероятная версия: основа Эндик — это русифицированная форма тюркского имени Андык или Эндик. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «андык» или «эндик» может означать «памятливый», «помнящий», иногда — «верный», «преданный». Имя давалось как пожелание ребёнку быть благодарным и помнить добро. Такие имена-пожелания были распространены у тюркских народов, а после присоединения Поволжья и Приуралья к России они переходили в фамилии у крещёных татар и башкир.

Менее убедительная, но возможная версия связывает Эндик с русским диалектным словом «ендик» — так в некоторых говорах называли маленького, юркого человека или, наоборот, упрямца. Но тюркское объяснение надёжнее: суффикс -иков в фамилиях часто маркирует именно адаптацию иноязычных имён (ср. Абдуликов, Булатиков).

Географически фамилия Эндикова тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. Встречается она и у русских, но почти всегда в районах смешанного проживания. Сословно носители фамилии чаще всего были государственными крестьянами или мещанами, а не дворянами — в родословные книги Эндиковы не попали.

Если человек с фамилией Эндикова ищет корни, стоит проверять метрические книги конца XIX — начала XX века по селам Казанской, Уфимской или Оренбургской губерний. Там фамилия нередко писалась через «а» — Андиков, что подтверждает тюркскую основу.