Фамилия Ендонова — женская форма фамилии Ендонов, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Ендон. В основе лежит бурятское (или шире — монгольское) имя Эндон, что в переводе означает «драгоценность», «самоцвет». Такие имена были распространены в буддийской культуре Восточной Сибири, где ребёнка называли в честь ценных качеств или предметов, желая ему счастливой судьбы.

Словообразовательная модель проста: к основе «Ендон» добавлен характерный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Ендонов). Так, в XIX — начале XX века, при переходе бурят на фамилии по русскому образцу, к личному имени отца прибавляли этот суффикс. Таким образом, Ендонов — буквально «сын Ендона» или «потомок Ендона». Женская форма Ендонова появилась позже, как естественное грамматическое изменение.

Географически фамилия тяготеет к Бурятии, Забайкальскому краю и Иркутской области. Она нечастая, но устойчивая в этих регионах, что говорит о её локальных корнях. В отличие от многих славянских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Ендонова — яркий пример того, как русская фамильная система вобрала в себя имена инородного происхождения, адаптировав их под свои правила.

В некоторых редких случаях нельзя исключать и тюркское влияние: в казахском языке есть слово «енді» (теперь, уже), но это маловероятная версия, так как суффикс -ов в таком контексте не объясним. Надёжнее всего связывать фамилию с бурятским именем Эндон — именно эта версия подтверждается и историей региона, и типичной моделью образования фамилий у сибирских народов. Предки современных Ендоновых, скорее всего, были скотоводами или охотниками, жившими в родовых общинах, где личное имя ценилось выше фамильного прозвища.