Фамилия Ендякова — женская форма фамилии Ендяков, а та, в свою очередь, типичный пример «географической» фамилии, образованной от названия населённого пункта. В основе лежит топоним Ендяково или Ендяков — такие деревни и села встречаются в центральной России, особенно в Ярославской и Костромской областях. Например, деревня Ендяково до сих пор существует в Некоузском районе Ярославской области. Фамилию дали человеку, который был выходцем из этого места: крестьянину, переселившемуся в город, или помещику, владевшему землями в Ендякове.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — «Ендяков», то есть потомок человека из Ендякова. Само название села, скорее всего, восходит к прозвищу или неканоническому имени Ендяк. В русских говорах «ендяк» или «ендя» могло означать что-то вроде «простак», «неповоротливый человек» (сравните с диалектным «ендова» — широкая посудина для питья, а отсюда — прозвище любителя выпить). Впрочем, не исключено и финно-угорское происхождение корня: в языках народов Поволжья встречаются схожие основы, означающие «тихий», «спокойный». Учитывая ареал бытования фамилии (Ярославщина, Кострома — зона древнего смешения славян и мерян), обе версии имеют право на существование, но прозвищная версия выглядит чуть проще и правдоподобнее.

Редкий суффикс -як в основе (Енд-як) характерен для прозвищ, образованных по модели «корень + -як»: добряк, смеляк, толстяк. Здесь он указывает на носителя качества. То есть Ендяк — это человек, которого прозвали за какую-то черту характера или поведения. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, что подтверждается её распространённостью в сельской местности. В дореволюционных переписях Ендяковы встречаются в основном среди государственных крестьян северных губерний. Сегодня фамилия редкая, её носители живут в основном в Центральной России и на Урале, куда переселялись в XIX веке.