Фамилия Ендакова — женская форма фамилии Ендаков, и её происхождение стоит искать не в географическом названии, а в прозвище или личном имени. Основа «Ендак» — это, скорее всего, вариант древнерусского нецерковного имени Ендей, Ендук или производное от тюркского слова «ендек» (ров, канава, овраг). В русских говорах слово «ендак» или «яндак» фиксировалось со значением «низина, сырое место, овраг». Таким образом, прозвище Ендак могли дать человеку, жившему в низине или у оврага, либо переселенцу из такой местности.

Модель образования типична для русского Севера и Сибири: суффикс -ов/-ев образует фамилию от прозвища на -к (Ендак → Ендаков). Встречается также вариант Ендаковский, указывающий на возможную связь с топонимом (например, деревня Ендаки), но для фамилии Ендакова более вероятно прямое прозвищное происхождение. Интересно, что в вятских и пермских говорах слово «ендак» означало ещё и «котомка, заплечный мешок» — тогда прозвище могло относиться к страннику, торговцу или нищему.

Географически фамилия Ендаковы (и Ендаковы) чаще всего встречаются в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии — регионах, где овражный рельеф и старые промысловые тропы делали такие прозвища естественными. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии числились среди государственных крестьян, реже — среди однодворцев. В современной России фамилия остаётся редкой, но не исчезнувшей.

Если разбирать суффикс, то -ов в мужском варианте указывает на принадлежность: «сын Ендака». Женская форма Ендакова сохраняет ту же основу и не несёт дополнительного значения — это просто указание на замужнюю или дочь Ендакова. В отличие от фамилий на -ин, где основа часто оканчивалась на -а/-я, здесь мы видим типичную севернорусскую модель с твёрдым окончанием.