Фамилия Ендышев не самая распространенная, но у нее есть одна особенность, которая сразу бросается в глаза: суффикс -ышев. В русских фамилиях чаще встречаются -ов/-ев или -ин. Суффикс -ышев указывает на то, что основа фамилии — не просто имя или прозвище, а его особая форма, скорее всего, с уменьшительно-ласкательным или уничижительным оттенком. Если бы предка звали просто Енда, его потомки стали бы Ендины. Но раз мы видим Ендышев, значит, в основе лежала форма Ендыш.

Корень «енд-» в русских говорах имеет два основных значения, и оба ведут к прозвищу. Первое — «ендова», или просто «енда». Так на севере и в Сибири называли широкую открытую посуду для питья, братину. Человек мог получить прозвище Енда за любовь к выпивке, за то, что пил из большой ендовы, или, наоборот, за то, что делал такую посуду — был бондарем или медником. Второе значение — диалектное «енда» (или «янда») в значении «овраг», «лощина», «яма». В таком случае прозвище давали по месту жительства: человек, живший у оврага или в низине.

Фамилия образована по продуктивной модели: прозвище Енда → уменьшительная форма Ендыш (буквально «маленькая енда» или, с пренебрежением, «енда-недомерок») → добавление патронимического суффикса -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. Получается: «чей?» — Ендышев, то есть сын Ендыша.

Географически фамилия привязана к северным и центральным областям России, а также к Поволжью. Встречается она в Вологодской, Костромской, Кировской областях, а также в Татарстане и Удмуртии. Это не случайно: именно в этих регионах слово «ендова» было в ходу, и именно оттуда шло активное заселение Урала и Сибири. Скорее всего, предки современных Ендышевых — крестьяне или посадские люди из числа коренного русского населения этих земель. Сословных перегородок фамилия не знала: Ендышевым мог быть и крепостной, и мастеровой, и даже купец, но однозначно не дворянин — фамилия не фиксируется в родословных книгах знати.

Других версий, например тюркского или финно-угорского происхождения, фамилия не имеет. Слово «ендыш» в татарском или марийском языках не зафиксировано, а русская словообразовательная модель здесь настолько прозрачна, что искать иные корни нет оснований.