Фамилия Ендышева — женская форма фамилии Ендышев, и её происхождение уводит нас в мир тюркских языков и прозвищ, распространённых в Поволжье и на Урале. Основа фамилии — «Ендыш» или «Ендыш», что может быть вариантом тюркского слова «ендыш» (или «индыш»), означающего «индюк», «индейка». В некоторых тюркских диалектах это слово звучит как «күркә» или «күрке», но форма «ендыш» закрепилась именно в татарском и башкирском языках.

Прозвище Ендыш могли дать человеку за внешнее сходство с птицей — возможно, за важную походку, надутый вид или специфическую манеру поведения. В крестьянской среде такие прозвища были распространены: они не несли оскорбления, а скорее метко описывали человека. Не исключено, что прозвище могло относиться к заводчику или продавцу индюков, но это менее вероятно: в русской ономастике фамилии от названий домашних птиц чаще отражают характер, а не ремесло.

Фамилия Ендышев образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе на шипящий («ш») добавляется суффикс -ев (а не -ов, как было бы после твёрдого согласного). Это типичный вариант для фамилий, возникших в среде, где русский язык смешивался с тюркским: суффикс указывает на принадлежность («сын Ендыша» или «из рода Ендыша»).

Географически фамилия Ендышевы встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Челябинской и Оренбургской областях — то есть в зоне исторического контакта русских и тюркских народов. Встречаются варианты написания: Ендышев, Ендышов (более редкий, с -ов), но форма с -ев остаётся основной. В дореволюционных записях фамилия могла фиксироваться и как Ендышевъ.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна: среди Ендышевых были и государственные крестьяне, и мещане, и даже купцы. Например, в документах XIX века упоминаются Ендышевы из Казанской губернии, занимавшиеся торговлей. Однако в целом фамилия остаётся малочисленной и не получила широкого распространения за пределами своего ареала.