Фамилия Енгеева, как и многие русские фамилии с восточными корнями, не имеет однозначного толкования, но её основа почти наверняка восходит к тюркским языкам. Скорее всего, в её основе лежит личное именование Енгей — вариант тюркского имени Еникей (или Еники). Лингвисты связывают его с диалектным словом «йани» (или «джани») — «душа моя, душечка» из говора башкортостанских татар-мишарей, к которому добавили уменьшительно-ласкательный аффикс -ки. Такое имя могли дать ребёнку как ласковое прозвище.

Есть и другая, менее романтичная версия: прозвище Енгей могло произойти от узбекского слова yenga или казахского jeñge — «невестка, жена старшего брата или родственника». В этом случае прозвище мог получить ребёнок, которого воспитывала не родная мать, а невестка старшего брата. Эта версия объясняет необычную основу фамилии бытовой ситуацией, что для прозвищ вполне типично.

Фамилия образована по русской модели с помощью типичного суффикса принадлежности -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или -й. Таким образом, Енгеева — буквально «жена или потомок Енгея». Суффикс -ев указывает на то, что фамилия закрепилась в русской среде, скорее всего, после крещения носителя тюркского имени или при переходе в православие, когда фамилии записывали по отцу.

Менее правдоподобные гипотезы стоит упомянуть лишь для полноты картины. Например, связь с греческим именем Евникиан («добропорядочный») или с немецким словом Enge («долина, ущелье») — эти версии выглядят натянутыми, так как не объясняют ни тюркского звучания основы, ни типичного для фамилий такого типа суффикса.

Географически фамилия Енгеева встречается в Поволжье и на Урале, что совпадает с зоной расселения татар-мишарей и башкир, где тюркские имена легко переходили в русские фамилии. Фамилия редкая, но её носители могут с полным правом считать её памятником восточной культуры, вплетённым в русскую ономастику.