Фамилия Енилина — женская форма фамилии Енилин, а та, в свою очередь, образовалась от мужского имени или прозвища Енила. Это редкий случай, когда в основе лежит не каноническое церковное имя, а, скорее всего, диалектное или просторечное.

Корень здесь — «ен-». В русских говорах слово «еня» или «енка» означало «он», «она», но чаще использовалось как ласковое обращение к младшему или к ребёнку. В некоторых областях «еня» — это нянька, мамка, а в рязанских и тамбовских говорах — «еня» означало «баловень», «любимец». Таким образом, Енилой могли прозвать избалованного ребёнка, любимчика в семье или, наоборот, ласкового, заботливого человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Енилин — сын Енилы, то есть «чей?» — Енилин. Модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто давали по отцу-крестьянину, фамилии на -ин могли возникать и в среде служилых людей, и у крестьян, но в северных и центральных губерниях они встречались чаще, чем на юге.

География фамилии Енилин (и, соответственно, Енилина) довольно узкая. Основные очаги — Владимирская, Нижегородская и Костромская области. Это говорит о том, что фамилия не разошлась широко и сохранила локальный диалектный корень. Встречаются единичные случаи в Вологодской и Кировской областях, что подтверждает северное происхождение модели на -ин.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с греческим именем Енила (от «эниос» — «старый»), но это натяжка: такое имя не встречается в святцах и не было распространено на Руси. Также не стоит путать с фамилией Енишев или Еничев — у них тюркские корни (от «ени» — «новый»). Енилина — чисто русская, образованная от бытового прозвища, и её носители, скорее всего, потомки тех, кого в семье ласково называли «еней» — любимчиком или малышом.