Фамилия Енилеева — женская форма фамилии Енилеев. В основе лежит мужское личное имя или прозвище Енилей. Словообразовательная модель проста: суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность: «сын Енилея». Такая модель — самая массовая в русских фамилиях, но сама основа Енилей встречается редко.

Корень фамилии, скорее всего, тюркский. В тюркских языках (татарском, башкирском, чувашском) есть слово «ени» или «яны» — «новый». Имя Енилей могло означать «новый друг», «новый товарищ» или быть пожелательным именем, которое давали новорожденному, чтобы он принёс в семью обновление. Вторая часть «-лей» — распространённый тюркский аффикс, образующий имена и прозвища (сравните с именами Ахметлей, Бикбулатлей). Встречается также версия о связи с татарским «ини» — «младший брат», но она менее убедительна, так как в этом случае ожидалась бы форма Инилеев.

Фамилия Енилеева не входит в число распространённых. Географически она тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где исторически жили татары, башкиры и другие тюркские народы. В метрических книгах XIX века носители фамилии встречаются в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами — в дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.

В дореволюционных записях встречаются варианты написания: Енилеев, Ениляев, реже Янилеев. В современном русском языке закрепилось написание через «е» в первом слоге, хотя в говорах и документах прошлого могло быть и «я». Фамилия — редкий пример того, как тюркское личное имя, не ставшее популярным в качестве крестильного, сохранилось в фамильной форме и дошло до наших дней.