Фамилия Еникеева происходит от мужского имени Еникей, которое в XVI–XVIII веках было распространено среди татар и башкир. В основе имени лежит персидское слово «йани» или «джани» — «душа моя, душечка», а уменьшительно-ласкательный суффикс -кей восходит к тюркскому аффиксу -кай, характерному для говора татар-мишарей. Таким образом, имя Еникей буквально означало «душечка» или «милый». Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который добавлялся к основам на мягкий согласный или на -й: Еникей → Еникеев, затем женская форма Еникеева.

Существует менее правдоподобная версия, связывающая имя Еникей с греческим именем Евникиан, которое переводится как «добропорядочный». В православном именнике оно появилось в честь одного из десяти мучеников Евникиана Критского. Однако эта гипотеза слаба: имя Еникей не встречается в церковных святцах, а его бытование в татаро-башкирской среде делает персидско-тюркское происхождение гораздо более убедительным.

Интересная деталь: фамилия Еникеева — одна из немногих, где сохранилась женская форма, хотя в современном русском языке она обычно передаётся по мужской линии (Еникеев). Это связано с тем, что в официальных документах XIX века женские фамилии часто фиксировались в исходной форме, особенно если родословная восходила к знатным татарским родам. Среди Еникеевых действительно встречаются представители старинных княжеских и мурзинских фамилий, например, князья Еникеевы из касимовских татар, упоминаемые в разрядных книгах XVII века. Однако окончательно утверждать, что все носители фамилии принадлежат к одному роду, можно только после генеалогического исследования — процесс формирования фамилий был долгим, и одно и то же имя могло дать начало разным ветвям.