Фамилия Еникеев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Еникеев послужило церковное имя Евникиан. Фамилия Еникеев имеет в своей основе имя Еникей, которое является просторечной формой имени Евникиан. Это имя является греческим по происхождению и переводится как «добропорядочный». Имя Евникиан было внесено в православный именник в честь одного из десяти мучеников Евникиана Критского. Надо сказать, что основатель рода Еникеевых был, скорее всего, человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Еникей, со временем получил фамилию Еникеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Еникеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Еникеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.