Фамилия Енилова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах раньше мужской. В современных списках фамилия встречается в мужском варианте Енилов, но исторически, особенно в переписях XIX века, фиксация шла по жене или вдове: «вдова Енилова», «Анна Енилова». Поэтому, разбирая происхождение, мы говорим о роде Ениловых в целом.

Основа фамилии — имя или прозвище Енило. Это просторечная, обиходная форма канонического имени Енисей. В святцах есть мученик Енисей, но имя было редким. В народе его переделывали: Енисей превращался в Енилу, как Гаврила от Гавриила или Данила от Даниила. Суффикс -ил- в таких именах указывал на ласкательное или усечённое звучание. Позже к прозвищу Енило добавился типичный русский суффикс принадлежности -ов, образовав фамилию Енилов (чей? — сын Енила). Женская форма Енилова — естественное грамматическое окончание.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не исключённая. В некоторых говорах «енила» или «енило» могло быть прозвищем от глагола «енить» — в диалектах означало «шалить, проказничать» или «говорить вздор». Тогда Енилов — потомок человека с таким прозвищем. Однако прямых словарных подтверждений этому слову мало, и ономасты чаще склоняются к версии с именем Енисей.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России. Встречается в архивах Вологодской, Костромской и Ярославской областей. Там имя Енисей, хоть и редко, но бытовало в крестьянской среде. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, образованная от личного имени, которое давали по святцам, но в простонародном пересказе.

В современном употреблении фамилия остаётся малочисленной. По разным подсчётам, носителей Ениловых в России не больше нескольких сотен. Это не фамилия-загадка со множеством трактовок, а скорее памятник народной переработке редкого церковного имени, которое почти вышло из обихода, но сохранилось в фамильном прозвании.