Фамилия Енилов — одна из тех, где прозрачная на первый взгляд форма скрывает неожиданный корень. Чаще всего её ошибочно связывают с рекой Енисей или именем Енисей, но это народная этимология. На деле основа здесь — краткая форма крестильного имени Енил, которое, в свою очередь, является просторечным вариантом канонического имени Иона (др.-евр. «голубь»). В русских говорах имя Иона упрощалось до Ион, Ен, а уменьшительные формы Еня, Енка дали начало фамилиям Енин, Енкин. Енил — это уже вторичная ласкательная форма с суффиксом -ил, как, например, Михаил от Михай.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Енилов буквально значит «сын Енила» или «потомок Енила». Такая патронимическая фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где имя Енил (Енило) встречалось в XVI–XVII веках. В документах той эпохи фиксируется, например, крестьянин Енилко Михайлов (Новгород, 1495 год) — это прямое свидетельство бытования основы.

Интересная деталь: в некоторых южнорусских и украинских говорах слово «енило» могло быть прозвищным, образованным от глагола «енить» (неясного происхождения, возможно, связанного с диалектным «ениться» — «лениться, мешкать»). Однако эта версия менее вероятна, так как суффикс -ов в фамилии Енилов однозначно указывает на имя собственное, а не на нарицательное прозвище. Если бы в основе лежало прозвище Енило, фамилия скорее имела бы форму Енилин или Енилкин.

Географически фамилия Енилов тяготеет к центральным и северо-восточным регионам России: встречается в старых переписях Владимирской, Костромской и Вятской губерний. Это косвенно подтверждает связь с именем Иона, которое было популярно именно в монашеской и крестьянской среде этих земель. В отличие от однокоренных Ениных или Еничкиных, фамилия Енилов сохранила архаичную форму с суффиксом -ил, что делает её более редкой и ценной для историков русского языка.