Фамилия Енохина — женская форма фамилии Енохин, а та, в свою очередь, происходит от мужского имени Енох. В русской традиции это имя связано с библейским Енохом — ветхозаветным праведником, который, согласно Книге Бытия, «ходил пред Богом» и был взят на небо живым. В православных святцах имя Енох встречается редко, и в народной среде оно почти не употреблялось. Однако в среде старообрядцев, где ценились редкие и архаичные библейские имена, Енох могло бытовать. Именно в старообрядческих общинах, особенно на Русском Севере и в Поволжье, коренится большинство фамилий с подобной основой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Енохин — это «сын Еноха». Модель образования типична для русских фамилий от крестильных имён, но интересно, что основа здесь не славянская и не греческая, а древнееврейская, прошедшая через церковнославянский язык. В отличие от распространённых Иванов или Петров, фамилия Енохин осталась локальной — её носители в основном сосредоточены в Центральной России и на Волге, а не в южных или западных регионах.

Встречается и вариант написания с буквой «ё» — Ёнохин, что не меняет значения, но указывает на произношение в некоторых говорах. Редкость фамилии объясняется не только нечастым именем, но и тем, что она могла писаться иначе: в дореволюционных документах встречаются формы Енохов, Еношев, но Енохин закрепился именно как отчество от полной формы имени, а не от уменьшительной. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и мещане, поскольку дворянские роды с такой фамилией в истории не отмечены.