Фамилия Эняева — редкий случай, когда географический адрес почти наверняка перевешивает все прочие версии происхождения. В русской ономастике фамилии на -ев обычно указывают на отчество от имени или прозвища, оканчивающегося на -ей или -ай (Андрей → Андреев, Матвей → Матвеев). Но с основой «Эня» всё сложнее: в святцах такого имени нет, а в крестьянской среде его не фиксируют.

Реальная подсказка лежит в этнической и региональной истории. Фамилия Эняева (и её мужской вариант Эняев) почти наверняка восходит к тюркскому или монгольскому корню. Самый вероятный источник — мордовское (эрзянское) имя Эня, которое встречается в дохристианской антропонимии народов Поволжья. У эрзи и мокши имя Эня могло быть сокращением от сложных имён с компонентом «эне» — «мать», «женщина», но чаще его связывают с тюркским «эн» — «простор», «ширь». В таком случае прозвище Эня давали широкоплечему, рослому человеку или тому, кто жил на открытой местности.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: фамилия могла возникнуть у русских переселенцев на Урале или в Сибири, где встречались фамилии от местных слов. Например, в коми-пермяцком языке «энь» означает «жена», «сноха». Тогда Эняева — буквально «женина», то есть жена человека по прозвищу Эня. Однако это скорее исключение: массовое бытование фамилии привязано к территории Мордовии и соседних областей, что подтверждается данными современных телефонных справочников.

Суффикс -ев в фамилии Эняева — стандартный патронимический формант, который в XVI–XVII веках закрепился за фамилиями от основ на мягкий согласный или йот. Если бы исходное имя звучало как Эняй, фамилия была бы Эняев; если как Эня — по правилам русского словообразования получилось бы Эньин, но здесь сработала аналогия с другими фамилиями на -ев. Такая морфологическая нестандартность — ещё один аргумент в пользу нерусского происхождения основы: носители языка адаптировали чужое имя по привычной модели, не задумываясь о строгих правилах.

Сословная принадлежность первых Эняевых неясна, но в документах XVIII–XIX веков фамилия встречается среди государственных крестьян и однодворцев юго-восточных губерний. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и родословных сборниках нет. Это типичная крестьянская фамилия, которая не поднялась выше мещанства и духовенства, но сохранилась в глубинке до наших дней.