Фамилия Енюшкины — типичный пример русской фамилии, образованной от имени. В её основе лежит народная, уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Иоанн — Енюшка. Само имя Иоанн (древнееврейское Йоханан) переводится как «Бог помиловал» или «Яхве смилостивился», и это одна из самых распространённых основ для русских фамилий. Однако Енюшкины отличаются от, скажем, Ивановых или Иванцовых именно суффиксом: он указывает на конкретную обиходную форму имени, бытовавшую в диалектах.

Суффикс -ин в фамилии Енюшкин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Енюшки». В женском варианте Енюшкина окончание -а добавляется по грамматическим правилам. Такая модель образования («прозвищное имя + -ин») была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где часто фиксировались фамилии на -ин от имён на -а/-я. Поэтому можно предположить, что основатели рода жили не на юге или западе страны, а именно в этих регионах.

Форма Енюшка — не единственная производная от Иоанна. Сравните с фамилиями Енютин, Енюхин, Енюшин — они образованы от тех же корней (Еня, Енюта, Енюха), но с разными суффиксами. Енюшкины стоят в этом ряду особняком благодаря суффиксу -ушк-, который придаёт имени ярко выраженный ласкательный оттенок. В старину так могли называть не только ребёнка, но и взрослого человека в кругу семьи или общины — как знак доброго отношения или, реже, ироничного прозвища.

Процесс закрепления фамилии растянулся на столетия, и точную дату появления Енюшкиных назвать невозможно. Однако по суффиксу и основе можно уверенно говорить: фамилия сложилась не позднее XVII–XVIII веков, когда массово оформлялись русские фамилии именно через патронимические суффиксы. В документах XVI–XVII веков встречаются отдельные записи людей с именем Енюшка (например, в переписных книгах Новгородской земли), но как фамилия она закрепилась позже, когда крестьяне и посадские люди начали передавать прозвания по наследству.

Фамилия Енюшкины — не редкая, но и не массовая. Она не принадлежала знатным родам, а бытовала преимущественно среди крестьян и мещан. Это делает её типичным памятником народной ономастики: в ней нет книжной вычурности, зато видна живая речевая традиция, где полное церковное имя заменяли домашним, ласковым вариантом.