Фамилия Енюшкина образована от мужского крестильного имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «Бог помиловал». В основу фамилии легла просторечная, уменьшительно-ласкательная форма этого имени — Енюшка. Такой тип словообразования типичен для русских фамилий, возникших в крестьянской и рабочей среде: полное церковное имя в быту заменяли домашним вариантом, который затем закреплялся за потомками.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Енюшкин — значит «сын Енюшки» или «человек из семьи Енюшки». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, наряду с -ов и -ев. Интересно, что форма Енюшка могла возникнуть не только напрямую от Иоанна, но и через промежуточные варианты вроде Еня, Енка или Енюха, которые тоже бытовали в народной речи.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что подтверждает её крестьянское происхождение: именно в этих областях были распространены «домашние» формы церковных имён. Скорее всего, основатель рода Енюшкиных был простым человеком — крестьянином или ремесленником, и его прозвище Енюшка, данное в быту, со временем стало наследственным именованием всей семьи.