Фамилия Енюшкин образована от имени Енюшка — уменьшительно-ласкательной формы мужского крестильного имени Иоанн. В переводе с древнееврейского Иоанн означает «Бог помиловал»; это имя давали ребёнку в надежде на божественную милость. Производная форма Енюшка возникла в просторечии через замену начального «Ио» на «Е» и добавление суффикса субъективной оценки -юшк-, который в русских говорах характерен для ласкового обращения.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Енюшкин буквально значит «сын Енюшки» или «человек из семьи Енюшкиных». Такая модель фамилий (основа на -а/-я + -ин) типична для северных и центральных областей России. Географически фамилия Енюшкин встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — в документах XVIII–XIX веков она фиксируется среди крестьян и мещан Симбирской, Казанской и Вятской губерний.

Стоит отметить, что имя Иоанн дало огромное количество народных вариантов: Иван, Ваня, Иваш, Ивка, а также Енюшка, Енюта, Еня. Фамилия Енюшкин стоит в одном ряду с однокоренными Енютин, Енюхов, Енягин — все они восходят к разным производным формам одного и того же имени. Различие в суффиксах (-ин, -ов, -их) не меняет смысла, а лишь отражает местные особенности словообразования.