Фамилия Енюшин образована от имени или прозвища, а её основа — Енюша. В русском языке суффикс -ша — характерный признак уменьшительно-ласкательных или обиходных форм личных имён: Енюша — производное от канонического имени Евгений (через промежуточную форму Еня). В народной речи Евгений превращался в Еню, Енюшу, отсюда и прозвище, а затем фамилия на -ин: «чей?» — Енюшин, то есть сын или потомок Енюши.

Но есть и вторая, не менее вероятная версия. Енюша могло быть не церковным, а чисто бытовым именем, образованным от диалектного слова «еня» или «енюха» — так в некоторых русских говорах называли ласкового, тихого или изнеженного человека. В этом случае фамилия отрывается от христианского календаря и уходит в мир прозвищ, где слово описывало характер или поведение первого носителя.

Географически фамилия Енюшин тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в архивных записях по Вятской, Костромской и Вологодской губерниям — там, где суффикс -ин традиционно преобладал над -ов в фамилиях от личных имён. В переписях XIX века Енюшины — чаще крестьяне, реже мещане, что типично для фамилий, возникших в крестьянской среде из уличного прозвища.

Редкость фамилии объясняется тем, что уменьшительная форма Енюша не была такой распространённой, как, скажем, Еня или Енька. Поэтому однокоренных фамилий (Енютин, Енюков) мало, и каждая из них — отдельная ветвь с собственным словообразовательным путём. Енюшин же стоит особняком: его суффикс -ин прямо указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не на «сына» или «внука» (как -ов/-ев), что делает фамилию более древней по модели.