Фамилия Елюшкин образована от имени или прозвища Елюшка. Чаще всего за этим именем стоит одна из крестильных форм: Елисей («спасённый Богом»), Елизар («Бог помог»), Елевферий («свободный») или Елпифидор («несущий надежду»). Все эти имена давали при крещении, а в быту их сокращали до Елюшки. Возможно и другое объяснение: Елюшка — это фонетический вариант имени Илюшка (от Илья, что значит «мой Бог — Господь»). В народной речи звук «и» легко переходил в «е», поэтому обе версии имеют право на существование.

Есть и третья, более редкая гипотеза — дохристианская. Согласно ей, Елюшкой называли ребёнка по названию дерева ель. В языческой традиции такие «растительные» имена давали, чтобы природа приняла младенца как своего и передала ему свои свойства — в случае с елью это долговечность и стойкость. Если эта версия верна, то фамилия Елюшкин — одна из немногих, сохранивших память о древнем обычае, а не о церковном имени.

По модели образования Елюшкин — типичная русская фамилия на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Елюшкин, то есть сын или потомок Елюшки. Такие фамилии чаще всего возникали в северных и центральных областях России, где был распространён суффикс -ин вместо южнорусского -ов. Встречается фамилия нечасто, что подтверждает: имя Елюшка не было массовым, а оставалось локальным или семейным прозвищем.

Сравните с однокоренными фамилиями: Елютин, Елисеев, Елизаров. Если Елисеевы и Елизаровы явно ведут род от полных крестильных имён, то Елюшкины стоят особняком — их фамилия произошла от краткой, обиходной формы, которая могла принадлежать и святому, и дереву. Какой из путей верен для конкретной семьи, без генеалогического исследования не установить, но обе версии укладываются в логику русской антропонимии.