Фамилия Елюшкина в своей основе имеет редкую словообразовательную модель, что сразу выделяет её среди более привычных «-ов» и «-ин». Суффикс «-к-» в сочетании с окончанием «-ина» указывает на то, что исходная форма фамилии — Елюшкин, а перед нами её женский вариант. Такая фамилия могла образоваться от прозвища или имени Елюшка, которое, в свою очередь, является производной формой от канонического имени Елисей. В народной среде имя Елисей часто сокращали до Елисейка, Елюха, Елюша, а уже от них — до ласкательного Елюшка. То есть Елюшкин — буквально «сын Елюшки» или «потомок Елюшки».

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «елюга» — так в некоторых говорах называли ель или хвойный лес. В этом случае прозвище Елюшка мог получить человек, живший у ельника, или же тот, кого сравнивали с елью за высокий рост или стройность. Однако эта гипотеза слабее: имена на -юш- в русской антропонимии гораздо чаще восходят к личным именам, чем к географическим или растительным названиям.

Географически фамилия Елюшкин (и её женская форма Елюшкина) встречается нечасто, но имеет устойчивую привязку к центральным и северным регионам России — Вологодской, Кировской, Нижегородской областям. Именно там в XVI–XVII веках были распространены уменьшительные формы от Елисея, и фамилии на -кин, -шкин фиксировались в крестьянской и посадской среде. В дворянских родословных эта фамилия не отмечена — её носителями, скорее всего, были крестьяне или ремесленники.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Елюшкин стоит в одном ряду с Елисеевым, Елесиным, Елюхиным. Разница в суффиксе показывает, на какой стадии произошло закрепление фамилии: Елисеев — от полной формы имени, Елюхин — от грубоватого Елюха, а Елюшкин — от ласкательной, почти детской формы. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, вероятно, был младшим в семье или его так называли в быту, и прозвище прижилось.

Сегодня фамилия Елюшкина — редкая, её носители разбросаны по нескольким регионам, но корень остаётся прозрачным: за ней стоит либо имя Елисей в народной обработке, либо, с меньшей вероятностью, память о еловом лесе.