Фамилия Еписеев — редкий пример, когда церковное имя в народной речи изменилось до неузнаваемости. В основе фамилии лежит мирское имя Еписей, которое возникло как упрощённая форма канонического мужского имени Епей. Такие сокращения были обычным делом в крестьянской среде: длинное или непривычное имя сокращали, чтобы легче было произносить в быту. Так Епей превратился в Еписея, а от него по стандартной модели с суффиксом -ев образовалась фамилия Еписеев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа имени оканчивалась на мягкий согласный или «й».

Само имя Епей пришло на Русь из греческого языка вместе с христианством. В святцах оно встречается редко, поэтому и фамилия Еписеев не получила широкого распространения. Встретить её можно преимущественно в регионах, где старообрядческие общины сохраняли архаичные имена, или в местах смешения различных говоров. В документах фамилия фиксируется с XIX века, но из-за редкости имени точно проследить географию бытования сложно.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Еписей плюс притяжательный суффикс -ев. Сначала Еписеевыми называли детей или домочадцев человека по имени Еписей («чей?» — «Еписеев сын»). Со временем приставка «сын» отпала, и фамилия закрепилась в неизменном виде. Никаких других корней или прозвищ в основе нет — это чисто патронимическая фамилия, без связи с профессией или внешностью предка.

В отличие от более частых фамилий вроде Епифанов или Епишин, которые тоже восходят к редким церковным именам, Еписеев — случай, когда народная переделка имени пошла своим путём. Если Епифанов напрямую связан с именем Епифаний, то Еписей — результат самостоятельного сокращения, не привязанного к общепринятым уменьшительным формам. Это делает фамилию уникальной в ряду однокоренных.