Основой фамилии Еписеев послужило мирское имя Еписей. Фамилия Еписеев, скорее всего, образована от имени Еписей, формы христианского мужского имени Епей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Еписей, со временем получил фамилию Еписеев.