Фамилия Еписеев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Еписеев послужило мирское имя Еписей. Фамилия Еписеев, скорее всего, образована от имени Еписей, формы христианского мужского имени Епей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Еписей, со временем получил фамилию Еписеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Еписеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Еписеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.