Фамилия Еписеева — женская форма, а мужская, Еписеев, образована от имени или прозвища в основе. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать корень. В русских фамилиях на -ев/-ов часто скрывается крестильное имя, и здесь, скорее всего, перед нами редкая форма имени Епифаний. В народной речи это имя звучало как Епифан, а уменьшительные варианты давали Епиша, Епися, Еписей. От последнего и пошла фамилия: Еписей → Еписеев.

Епифаний — греческое имя, означающее «явленный», «светлый». В святцах его носили несколько раннехристианских святых, но на Руси имя не было таким массовым, как Иван или Пётр, поэтому фамилия Еписеев встречается нечасто. Это её отличительная черта: она не из числа распространённых, а значит, предки могли быть выходцами из одной местности или даже одного рода, где имя Епифаний передавалось по традиции.

Суффикс -ев указывает на типичную модель отчества: Еписеев — «сын Еписея». В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только закреплялись, такая форма означала принадлежность к конкретному человеку. Если бы основа кончалась на твёрдый согласный, стоял бы суффикс -ов, но здесь мягкий звук, поэтому -ев.

Интересно, что в некоторых говорах имя Епифаний могли переделывать в Епифанцев или Епихин, но Еписеев — более редкий вариант, сохранивший именно уменьшительную форму. Географически фамилия может тяготеть к центральным и северным регионам России, где имя Епифаний было в ходу у крестьян и посадских людей. В дворянских родах она не зафиксирована, так что предки, скорее всего, были из простого сословия — крестьяне, ремесленники или священнослужители (среди духовенства тоже любили редкие имена).

Ещё одна версия, менее вероятная, связывает фамилию с прозвищем от диалектного слова «еписея» или «еписка» — так в некоторых местах называли насмешника или балагура. Но ономастика обычно отдаёт предпочтение имени как основе, поэтому версия с Епифанием — основная.