Фамилия Елисеева образована от крестильного имени Елисей. В переводе с греческого оно означает «желанный», «чудесный» или «красивый». В основе фамилии лежит каноническая форма имени, что указывает на её происхождение из церковной среды: так могли назвать сына или внука человека по имени Елисей.

Суффикс -ев в составе фамилии — типичный для русских фамилий показатель принадлежности. Он присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или йот. В данном случае основа Елисе- (от Елисей) дала форму Елисеев, а в женском роде — Елисеева. Фамилия не имеет вариантов с суффиксом -ов, что отличает её от однокоренных, но более редких форм вроде Елисов.

Самая известная ветвь носителей этой фамилии — купцы Елисеевы. Начал дело в 1813 году Пётр Елисеев, бывший крепостной крестьянин. Его потомки создали торговый дом «Братья Елисеевы» с капиталом 7–8 миллионов рублей, владели собственными пароходами и винными подвалами на острове Мадейра, в Бордо и Опорто. С 1892 года фирмой единолично управлял Г. Г. Елисеев (1858–1942), открывший знаменитые елисеевские магазины в Санкт-Петербурге и Москве. Этот купеческий род сделал фамилию широко известной, но не стоит забывать, что основная масса Елисеевых — потомки простых людей, носивших имя Елисей.

Встречается и вариант написания «Елесеев» — с буквой «е» в первом слоге. Это не ошибка, а отражение акающего произношения, которое закрепилось в документах в некоторых регионах. Такая запись встречается в архивных записях XIX века, особенно на юге России, но в литературной норме закрепилась форма через «и».