Фамилия Елисеенко — типичный пример украинской фамилии, построенной по модели «имя отца + патронимический суффикс». Она образована от крестильного имени Елисей, которое пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского имя означает «спасенный Богом». Привычное для нас окончание -енко в украинской ономастике выполняло ту же роль, что и русские суффиксы -ов или -ин: буквально Елисеенко — это «сын Елисея». Такую форму фамилии закрепили за потомками человека, которого в народе звали просто по отцу — Елисеенко, то есть Елисеевич.

Интересно, что украинская фамилия с этим корнем не единственная. В русской среде больше распространены Елисеев и Елисеевский, а в белорусской — Елисеёнок, Елисеевич. Суффикс -енко исторически был самым продуктивным на Левобережной Украине и в Слобожанщине, поэтому Елисеенко — фамилия, типичная для Полтавской, Черниговской, Сумской и Харьковской областей. В документах XVIII–XIX веков, когда фамилии фиксировали за крестьянскими и казацкими родами, форма Елисеенко встречается почти исключительно среди реестровых казаков и мещан.

Стоит учесть, что имя Елисей в народе не было редким — его давали в честь библейского пророка, ученика Илии. Поэтому носители фамилии Елисеенко не обязательно родственники друг другу: в разных сёлах один и тот же отыменный принцип породил множество однофамильцев. Нет никаких данных о дворянском происхождении этой фамилии — она оставалась фамилией простых людей, и это не делает её менее интересной с точки зрения истории языка.