Фамилия Елисеенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Елисей. Мужское крестильное имя Елисей в переводе с древнееврейского означает «спасенный Богом». Поэтому Елисеенко буквально понималось как «сын Елисея».