Фамилия Епищенкова образована от народной формы крестильного имени Епифаний. В основе лежит имя Епища — так в быту называли человека, официально носившего имя Епифан (церковная форма — Епифаний). С греческого это имя переводится как «видный», «известный», «знатный».

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), но присоединяется он не к полной форме, а к просторечному варианту Епища. В результате получилась фамилия Епищенков, а женская форма — Епищенкова. Такая цепочка (Епифаний → Епища → Епищенков) встречается реже, чем, скажем, Епифанов или Епишин, что делает фамилию заметной на фоне однокоренных.

Скорее всего, основатель рода был выходцем из крестьянской или рабочей среды. В документах фамилия впервые фиксируется в центральных и южнорусских губерниях, где имя Епифан было особенно распространено среди простого люда. Со временем, если род переезжал в другие регионы, написание закрепилось через суффикс -ов, что типично для русской фамильной системы.

Спорных версий происхождения немного. Альтернатива — связь с прозвищем Епища от диалектного глагола «епиться» (цепляться, придираться), но это предположение слабое: оно не объясняет, почему фамилия массово встречается именно в областях, где имя Епифан было ходовым. Поэтому основная версия — от имени — остаётся наиболее правдоподобной.