Фамилия Епищенко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. В данном случае корень восходит к личному имени Епиша. Это не полное каноническое имя, а просторечная, обиходная форма от церковного имени Евсевий (в переводе с греческого — «благочестивый») или, что менее вероятно, от Епифаний («явленный», «видный»). В украинской и южнорусской среде имена часто усекали и смягчали: Евсевий превращался в Овсій, а в разговорной речи давал формы вроде Епиш, Епиша.

Таким образом, Епищенко буквально означает «Епишин сын» или «потомок Епиши». Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Епи́щенко, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый. Суффикс -енко — самый распространённый в украинской ономастике, он активно использовался в XVI–XVIII веках для обозначения детей, а позже закрепился как наследственная фамилия.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто застывали в форме притяжательного прилагательного (Епишин), украинская модель на -енко давала ощутимый отпечаток «младшего» или «сына». Поэтому Епищенко и Епишин — однокоренные, но разной географической и социальной природы. Если Епишин с большей вероятностью встречается в северных и центральных областях России, то Епищенко — типичный носитель истории Левобережной Украины, Слобожанщины или Кубани, куда фамилию принесли переселенцы.

Редкость фамилии в том, что имя-основа Епиша не столь популярно, как, скажем, Иваш или Гриша, поэтому и однокоренных вариантов немного. Встречается Епищенко преимущественно на востоке Украины и в прилегающих областях России. Никакого отношения к ремеслу или прозвищу фамилия не имеет — чисто патронимическая история, корнями уходящая в крестьянскую и казачью среду, где детей записывали по отцу без затей: «Чей будешь? — Епищенко».