Фамилия Епитифорова — редкий случай, когда в основе лежит не имя или прозвище, а церковный термин, причём в необычной огласовке. Корень здесь — греческое слово «эпитимия» (церковное наказание, епитимья). В русском просторечии оно часто звучало как «епитимия» или «епитимья», отсюда и форма «Епитифор» — скорее всего, так в быту называли человека, имевшего отношение к церковному покаянию.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), а окончание -а — на женский род. Мужской вариант — Епитифоров. Фамилия образована от прозвища Епитифор, которое, в свою очередь, возникло из народного переосмысления слова «епитимия». Второй вариант происхождения — от канонического имени Епифаний (греч. «явленный»), которое в диалектах могло исказиться до Епитифор. Но первая версия правдоподобнее: слишком специфична связь с церковным наказанием, чтобы быть случайным совпадением.

Носитель прозвища Епитифор мог быть либо человеком, на которого наложили епитимью (и прозвище закрепилось как напоминание о проступке), либо, что вероятнее, церковнослужителем, который налагал епитимью или следил за её исполнением. В крестьянской среде такие прозвища давали по характерной черте или занятию, и они легко переходили в фамилии.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — там, где церковнославянская лексика глубже проникла в бытовую речь. Встречается она редко, что объясняется нестандартностью основы: фамилии от «епитимьи» не стали массовыми, в отличие от фамилий от имён или профессий.

Отдельного внимания заслуживает написание. Встречаются варианты Епитимиров, Епитимьев, но форма с -фор- (от «форос»? от «фор» — носитель?) — самая загадочная. Возможно, это результат народной этимологии: малопонятное «епитимия» переделали в более привычное «Епитифор», созвучное греческим именам на -фор (Христофор, Мефодий). Так прозвище получило книжное звучание, хотя корень остался бытовым.