Фамилия Ерафеева — женская форма фамилии Ерафеев, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — имя или прозвище Ерафей, которое представляет собой народную, разговорную переделку канонического крестильного имени Иерофей. В русской традиции такие адаптации греческих имён были обычным делом: непривычное уху «Иерофей» превращалось в более простое «Ерофей» или «Ерафей». Фамилии на -ев образованы от имён, оканчивающихся на -ей, поэтому Ерафеев — закономерный вариант.

Сам Иерофей (в переводе с греческого «освящённый Богом») — имя нечастое, но известное в церковном календаре. В народе же гораздо популярнее был вариант Ерофей, который дал жизнь фамилиям Ерофеев, Ерохин, Ерошин. Форма Ерафеев встречается реже, и именно это делает её интересной. Скорее всего, предок носителя фамилии происходил из местности, где в говорах звук «о» после мягкого согласного переходил в «а» — так называемое «яканье», характерное для ряда среднерусских и южнорусских диалектов. То есть фамилия фиксирует не просто имя, а его местное произношение.

По суффиксу фамилия относится к типичным русским «патронимическим» образованиям: Ерафеев буквально означает «сын Ерафея». Сословных ограничений у такой фамилии не было — её могли носить и крестьяне, и мещане, и священнослужители (поскольку имя церковное). Редкость фамилии объясняется тем, что исходное имя Иерофей в быту почти вытеснила форма Ерофей, и «Ерафей» остался локальным вариантом.

Если искать географию, то фамилия Ерафеев (и Ерафеева) встречается в центральных областях России и в Поволжье, но нигде не образует больших гнёзд. Это фамилия, которая скорее говорит о конкретной семейной традиции именования, чем о массовом прозвище или профессии. Искать в ней указание на род занятий предков не стоит — перед нами чистая «отчество» от крестильного имени, прошедшего через народную языковую обработку.