Фамилия Ерхонин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного корня, отсылающего к профессии или имени, поэтому её разбор требует обращения к диалектной лексике и ономастике.

Словообразовательная модель проста: основа «Ерхон-» плюс типичный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Ерхонин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Ерхоня. Такие фамилии на -ин чаще всего образовывались от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Основная загадка — в основе. Самое правдоподобное объяснение связывает её с диалектным словом «ерха» или «ерхоня». В русских говорах (особенно северных и уральских) «ерха» — это ёрш, колючая рыба. Прозвище Ерхоня могли дать человеку с колючим, неуживчивым характером, похожему на ерша. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии от названий рыб (Ершов, Окунев, Щукин) широко распространены и образованы по той же модели.

Менее вероятна, но допустима связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово «ер» (земля) или «ерке» (изнеженный, любимчик), но для фамилии с русским суффиксом -ин и окончанием на -я это было бы нехарактерно. Если бы основа была тюркской, она скорее дала бы фамилию типа Ерхов или Еркеев. Поэтому версия с русским диалектным «ершом» остаётся основной.

Географически фамилия Ерхонин тяготеет к северным и центральным регионам России, где слово «ерха» было в ходу. Встречается она нечасто, что типично для прозвищных фамилий, которые не стали массовыми. По сословной принадлежности носители, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей — прозвища давали в среде, где человека хорошо знали и метко называли по характеру.

Таким образом, фамилия Ерхонин — это прозвище, закрепившееся за родом. Предок-Ерхоня, вероятно, получил своё имя за неуступчивый, «колючий» нрав, а его потомки стали Ерхониными.