Фамилия Ерхонина — женская форма фамилии Ерхонин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Ерхоня. Разговор о ней стоит начать с редкости: это не фамилия из сотни самых распространённых, и её корни уходят в северные и центральные говоры России.

Основа «Ерх-» — производная от древнерусского имени Ерёма (просторечная форма канонического имени Иеремия). В русских диалектах слово «ерха» или «ерох» означало непослушного, ершистого человека, задиру. Человек, получивший прозвище Ерхоня, скорее всего, отличался неуживчивым или колючим характером. Суффикс «-оня» в прозвищах (ср. Вороня, Тихоня) придавал оттенок ласкательности или уменьшительности, но в данном случае он мог иронически обыгрывать «колючесть»: не просто ёрш, а этакий маленький ёрш.

Словообразовательная модель проста: прозвище Ерхоня → патронимическое прилагательное «Ерхонин» (чей? — сын Ерхони) → фамилия Ерхонин. Суффикс «-ин» типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Мужская фамилия склоняется как притяжательное прилагательное, женская форма Ерхонина — соответственно.

В исторических документах фамилия встречается в основном на Русском Севере и в Поволжье. Например, в переписных книгах Вологодской губернии XVII–XVIII веков фиксируются крестьяне с прозвищем Ерхоня. Это указывает на крестьянское или посадское происхождение: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Родственные фамилии — Ерхов, Ершов, Ерохин — того же корня, но с разными суффиксами. Ерхонина стоит особняком именно из-за редкого суффикса «-оня», который сохранил диалектную окраску.

Таким образом, носительница фамилии Ерхонина может с большой вероятностью считать своими предками вольных или крепостных крестьян из северных областей России, а прозвище родоначальника отсылало к его неуступчивому, «ершистому» нраву.