Фамилия Ермонина — женская форма, а её мужской вариант, Ермонин, образован по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Ермонин буквально значит «сын Ермони» или «человек из рода Ермони». В основе лежит имя Ермоня — разговорная, обиходная форма полного крестильного имени Ермолай.

Имя Ермолай имеет греческие корни (Hermolaos) и переводится как «вестник народа» или «глашатай». В святцах оно числится как имя раннехристианского мученика, поэтому было распространено на Руси. Уменьшительные формы вроде Ермоня, Ермоша, Ермилка возникали естественным путём в быту: так звали человека в семье или в деревне, а затем прозвище закреплялось за его детьми.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от прозвищ или профессий, фамилии на -ин почти всегда восходят к личным именам, причём часто к их «домашним» вариантам. Ермонин — не исключение. Сравните с однокоренными Ермолин, Ермаков, Ермилов: все они ведут родословную от разных форм того же имени Ермолай. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где -ин был особенно продуктивен.

По социальному происхождению Ермонины, скорее всего, относятся к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилии на -ин в среде крестьян закрепились в XVII–XVIII веках, когда в документах писали: «Иван Ермонин сын», то есть сын Ермони. Это не дворянская фамилия с характерными суффиксами -ский или -ов, а массовая, народная, что делает её типичным образцом русского фамильного ономастикона.