Фамилия Ермоненко в первую очередь обращает на себя внимание украинским суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был главным маркером «малого» или «сыновнего» происхождения. Если перед вами Ермоненко, то перед вами, скорее всего, потомок человека по имени или прозвищу Ермон (или Ермоня). Такая модель образования — от полной формы имени — встречается реже, чем от производных, и это делает фамилию более узнаваемой.

С корнем сложнее. Наиболее прямая и логичная версия: в основе лежит каноническое крестильное имя Ермолай (др.-греч. Hermolaos — «вестник народа»). В просторечии имя часто сокращали: Ермоха, Ермоня. От формы Ермоня с помощью патронимического суффикса -енко и получилось Ермоненко — «сын Ермони». Это типичный путь для украинских фамилий: сначала из полного имени делали обиходную форму, а затем закрепляли её как родовое прозвище.

Есть и более редкая, но возможная версия — связь с географическим названием. В Литве и Беларуси существует топоним Ермоны (деревня в Витебской области). Если предки носителя фамилии происходили оттуда, прозвище «Ермон» могло означать «выходец из Ермон», а суффикс -енко уже на украинской почве превратил его в фамилию. Однако эта версия менее вероятна: в малороссийских землях, где фамилии на -енко складывались массово, топонимов с корнем «ермон-» почти нет.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, Ермоненко не указывает на прямое владение землёй или принадлежность боярскому роду. В среде запорожского казачества и крестьян Левобережной Украины такие фамилии означали просто «чей сын» или «чьих будешь». Со временем, к XVIII–XIX векам, они закрепились и перестали меняться по падежам, как это было в польской или русской традиции.

В русском языке фамилия склоняется по образцу существительных второго склонения: Ермоненко, Ермоненко, Ермоненко — и не меняется в зависимости от пола носителя. Это типичная черта для фамилий украинского происхождения, которые пришли в общероссийский обиход сравнительно поздно, уже в застывшей форме.