Фамилия Ернер — случай, когда фамильное имя скорее всего пришло в русскую среду извне, а не образовалось на местной почве. В исконно русских фамилиях редко встречается сочетание «ер» в начале и суффикс «-ер» в конце, характерный скорее для немецкой или еврейской (ашкеназской) ономастики. Поэтому первый и главный вопрос: откуда этот корень?

Скорее всего, перед нами немецкая фамилия, распространённая среди поволжских немцев, прибалтийских немцев или переселенцев, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках. В немецком языке «Ern» может быть вариантом корня, связанного с серьёзностью или усердием (сравните с «ernst» — серьёзный). Фамилия Ернер (Erner) в таком случае — это прозвище, данное человеку серьёзному, основательному, либо же переосмысленное имя, например, сокращение от Эрнст с добавлением типичного немецкого суффикса деятеля «-er». По-немецки «Erner» могло означать «тот, кто пашет» или «земледелец», если возводить к диалектному «Ern» (урожай), но это менее вероятно.

Вторая версия, более редкая, — еврейское происхождение. В ашкеназской традиции фамилии на «-ер» часто образовывались от названий профессий или мест. Ернер могло возникнуть от идишского «эрн» (честь, почёт) или быть топонимической фамилией от местечка с похожим названием. Однако без конкретных документальных подтверждений эта гипотеза остаётся гадательной.

В России фамилия Ернер нечастотна. По данным переписей и телефонных справочников, её носители концентрируются в Поволжье (Самарская, Саратовская области) и в крупных городах, куда в XX веке мигрировали немецкие семьи. Сословно это были в основном крестьяне-колонисты, ремесленники или мещане. Дворянского происхождения у фамилии не прослеживается.

Если искать однокоренные параллели, то в русском языке фамилия звучит изолированно: нет ни «Ернева», ни «Ерникова», что только подтверждает её иноязычную природу. Для носителя фамилии Ернер наиболее вероятная история — это немецкий предок, получивший прозвище по характеру или роду занятий, который осел в России в эпоху колонизации пустующих земель.