Фамилия Эртнеев — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской или тюркской этимологии без специальных оговорок. С первого взгляда её можно принять за «сыновью» форму от имени Эртней, Эртня, где суффикс -ев присоединён к основе на мягкий согласный. Но загвоздка в том, что ни в русских святцах, ни в тюркских именословах такого антропонима нет.

Вероятнее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде крещёных народов Поволжья — мордвы (эрзи) или чувашей. В эрзянском языке есть слово «эрть» — «жизнь» или «живой». От него могло образоваться прозвище Эртней — что-то вроде «живчик», «бойкий». В чувашском тоже прослеживается корень «эрт» — «переходить», «миновать»; тогда Эртней — человек, который «перешёл» (например, в другую веру или общину). Оба варианта объясняют, почему фамилия не встречается в центральной России, но может быть локализована в Нижегородской области, Мордовии или Чувашии.

Менее убедительна версия о немецком происхождении (от фамилии Ertner или Ortner). Немцы-колонисты оседали в Поволжье, но суффикс -еев для них нетипичен: немецкие фамилии русифицировали через -ов/-ев, но тогда исходная форма была бы Эртнеров. Скорее всего, Эртнеев — это местная фамилия, записанная русскими писарями на слух с мордовского или чувашского произношения, где конечный гласный звук передали как -ей, а потом добавили фамильный суффикс.

О сословной принадлежности Эртнеевых говорить сложно: фамилия не фигурирует в списках столбового дворянства. Скорее всего, её носили государственные крестьяне или ясачные люди (нерусское население, платившее подать пушниной или деньгами). В XIX веке такие фамилии часто закреплялись за целыми деревнями, и носители могли быть как рядовыми крестьянами, так и мелкими торговцами или священниками из местных.