Фамилия Эсеинов звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. В ней нет типичных для русских фамилий суффиксов -ов/-ев или -ин, а окончание -ов указывает на то, что перед нами обрусевшая форма, адаптированная под русскую грамматическую модель. Скорее всего, основа фамилии — тюркское или кавказское имя или прозвище.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с арабским именем Иса (Иисус в исламской традиции), которое в тюркских языках могло звучать как Эсе, Эси или Исе. В таком случае фамилия Эсеинов — это патроним, то есть «сын Эсеина», где «Эсеин» — это уже русифицированная форма имени Эсе (или Иса) с добавлением русского суффикса -ин, указывающего на принадлежность. Двойной суффикс (-ин-ов) — характерная черта фамилий, которые образовывались в русской среде от уже адаптированных тюркских имён: сначала имя превращалось в отчество (Эсеин — сын Эсе), а затем от этого отчества делали фамилию (Эсеинов — потомок Эсеина).

Регионально фамилия тяготеет к Поволжью, Уралу и Кавказу — зонам активного смешения русского и тюркского населения. Носители фамилии могли быть выходцами из татар, башкир, кумыков или народов Дагестана, чьи предки приняли православие или просто жили в русскоязычной среде, что привело к русификации фамилии. Встречается вариант написания с одной «с» — Эсеинов, что подтверждает её тюркскую основу, где долгие гласные нехарактерны.

Вторая, менее распространённая гипотеза, отталкивается от тюркского слова «эсе» или «эси» в значении «здравый», «разумный». Тогда прозвище Эсеин мог получить рассудительный или мудрый человек. Однако это объяснение слабее, так как слово «эсе» в значении «умный» фиксируется редко и в основном в диалектах, тогда как имя Иса (Эсе) — общеизвестно в исламском мире.

Таким образом, фамилия Эсеинов — это типичный пример того, как восточное имя, пройдя через русскую канцелярию и быт, превратилось в фамилию, сохранившую память о предке, которого, вероятно, звали Эсе (Иса). Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, имеют корни в смешанных русско-тюркских семьях.