Фамилия Есмуханова — яркий пример тюркского именования, перешедшего в русскую фамильную систему. Её основа — мужское имя Есмухан. Разбираем его по частям: «Ес» — это фонетический вариант слова «ес» или «ис» (разум, память, сознание), а «мухан» — казахская или общеисламская форма имени Мухаммед (восхваляемый, прославленный). Получается, что имя Есмухан можно перевести как «разумный Мухаммед» или «обладающий светлой памятью, как Мухаммед». Имя давали с надеждой, что мальчик унаследует ум и благочестие пророка.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов (в женском роде — -а), который указывает на принадлежность: «Есмуханова» буквально значит «дочь (или жена) Есмухана». Такая схема типична для фамилий, возникших у народов Казахстана и Средней Азии в XIX–XX веках, когда тюркские имена начали оформлять по русскому административному образцу.

Географически фамилия тяготеет к западному и северному Казахстану, а также к приграничным регионам России — Оренбургской, Астраханской областям. Встречаются носители и в Башкортостане, что объясняется историческими миграциями кочевых групп. В отличие от фамилий на -ин или -ский, эта фамилия почти не имеет вариантов написания: путаница возможна только с двойным «с» (Ессмуханова), но это ошибка, так как в исходном имени одна «с».

Сословно предки Есмухановых, скорее всего, были скотоводами или мелкими землевладельцами. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из тех, что фиксировали простое происхождение, но сохранили звучное и глубокое по смыслу имя.