Фамилия Эссин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не оканчивается на -ов, -ев, -ин, -ский, а имеет типичный для западноевропейских фамилий суффикс -ин, который в данном случае не является русским патронимическим показателем («чей?»). Это сразу указывает на нерусские корни или на искусственное, книжное происхождение.

Скорее всего, фамилия Эссин образована от немецкой или еврейской фамилии Ess (Эсс). Суффикс -ин в немецком языке часто обозначает принадлежность или уменьшительность, а в русской среде он мог прибавиться при русификации. Основа Ess может восходить к нескольким источникам: к древневерхненемецкому слову со значением «очаг» или «домашний очаг» (что указывало бы на род занятий предка — хранителя очага или работника у печи), либо к сокращённой форме имени Эразм или Эрнст (через уменьшительное Ess). В еврейской традиции Ess могло быть аббревиатурой или прозвищем, а фамилия Эссин — её адаптированным вариантом.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с эстонскими или финскими корнями, где основа ess означает «конь» или «лошадь». Но в этом случае ожидалось бы окончание -нен или -лайнен, а не -ин. Русская фамилия Эссин могла возникнуть у обрусевших немцев Поволжья или прибалтийских немцев, которые в XIX веке массово получали фамилии по месту жительства или профессии. В дворянских родословных книгах фамилия Эссин не зафиксирована — это указывает на мещанское или крестьянское происхождение носителей.

Географически фамилия встречается единично, в основном в центральной России и в бывших немецких колониях. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается, что подтверждает её иноязычный характер. Таким образом, предки современного Эссина, скорее всего, были выходцами из немецкоязычной среды, получившими фамилию по прозвищу или профессии, связанной с очагом, либо по сокращённому личному имени.