Фамилия Естафенко — характерный пример украинской фамилии на -енко, самой распространённой модели в этой культуре. Суффикс -енко в буквальном смысле означает «маленький» или «сын», поэтому Естафенко — это «сын Естафа». В основе лежит просторечная форма канонического крестильного имени Евстафий. В русской и украинской традиции имя Евстафий давали в честь святого Евстафия Плакиды, римского военачальника, принявшего христианство. В народном произношении начальное «ев-» часто редуцировалось, а «ф» могло заменять «в», давая формы вроде Остафий, Астафий и Естафий. Фамилия Естафенко закрепила именно этот вариант — с начальным «Е-».

Географически фамилия тяготеет к восточным и центральным областям Украины, откуда в XIX–XX веках носители переселялись на Кубань, Дон и в Сибирь. Встречается и в России, но заметно реже. Интересно, что однокоренные фамилии — Остапенко, Астафьев, Евстафьев — образованы от тех же вариантов имени, так что Естафенко стоит в одном ряду с ними, но сохраняет более редкую фонетическую форму. Социально носителями фамилии были крестьяне и казаки: на Украине фамилии на -енко в XVII–XVIII веках фиксировались в первую очередь у свободных сельских жителей и реестровых казаков, а не у шляхты.

В написании фамилии возможна путаница: в документах встречаются варианты Естафенко и Естофенко, но первый — нормативный. Никаких «дворянских корней» или «древних родов» за фамилией не числится, это обычная отчество-патронимическая фамилия, указывающая на предка по имени Евстафий.