Фамилия Эстеркес — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычную славянскую модель с суффиксами -ов, -ин или -ский, и её корни лежат за пределами восточнославянских земель. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть в сторону еврейской диаспоры Восточной Европы.

Основа фамилии — женское имя Эстер (Эсфирь), известное по библейской книге Эсфири. Это имя древнеперсидского происхождения (stāra — «звезда») или, по другой версии, аккадского (Ištar — имя богини Иштар). В идише и в быту ашкеназских евреев имя приобрело уменьшительно-ласкательные формы, и одна из них — Эстерке (с суффиксом -ке, характерным для восточноевропейского идиша). Фамилия Эстеркес, таким образом, означает «сын (или потомок) Эстерке»: формант -ес (или -с) здесь — это патронимический суффикс, который в идише передавал принадлежность к роду, примерно как русское -ович или польское -овиц.

Скорее всего, предок носителя этой фамилии был человеком, которого в общине знали по матери или бабушке с именем Эстерке. Такая модель образования фамилий (от женского имени с уменьшительным суффиксом) типична для ашкеназских евреев конца XVIII — начала XIX века, когда в Российской империи и Австро-Венгрии проводилась массовая принудительная паспортизация еврейского населения. Чиновник записывал прозвище семьи, которое часто строилось от имени матери-вдовы или просто от популярного в роду женского имени.

Географически фамилия Эстеркес чаще всего встречается на территориях бывшей черты оседлости — в Беларуси, Украине, Литве и Польше. Встречаются варианты написания: Эстеркис, Эстеркес, а также с удвоенной «с» на конце (Эстеркесс), что отражает особенности произношения и записи в разных канцеляриях. В дореволюционных метрических книгах можно найти и форму Эстеркесъ.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Эстер, Эстерович, Эстеркин) показывает, что Эстеркес стоит в ряду самых «камерных» вариантов: он прямо указывает на конкретную уменьшительную форму имени, а не на полное имя или отчество. Это делает фамилию не просто патронимом, а скорее семейным прозвищем, закреплённым за потомками одной женщины по имени Эстерке.