Фамилия Естишин — редкий пример того, как просторечная форма крестильного имени породила фамилию, почти полностью скрывшую первоначальную основу. В основе лежит имя Евстафий, которое через цепочку народных сокращений (Евстафий → Евстах → Стах → Естя → Естиша) дало форму Естиша. Такой путь типичен для русских фамилий: полное имя было длинным и неудобным в быту, его укорачивали, а потом от этой укороченной версии и образовывали фамилию. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Естишин, то есть сын или потомок Естиши.

Имя Евстафий пришло из древнегреческого и означает «твердый, стойкий, неизменный». На Руси оно было известно благодаря святому Евстафию Плакиде — римскому военачальнику, который, по преданию, принял христианство после видения на охоте: среди рогов оленя ему явился образ распятого Спасителя. Евстафий крестился вместе с женой и двумя сыновьями и впоследствии принял мученическую смерть. В православной традиции его память отмечают 20 сентября, в католической — 8 августа и 20 сентября. Этот святой считается покровителем охотников и входит в число Четырнадцати святых помощников в католицизме.

Существует и другая версия происхождения фамилии — от этнонима «эсты», то есть древнего названия населения современной Эстонии. Эсты упоминаются в ливонских хрониках XIII века (например, у Генриха Латвийского), а сам этноним, по мнению исследователей, восходит к термину «восток» или «Восточная земля» — Эстланд. Однако эта гипотеза менее правдоподобна. Во-первых, фамилии от этнонимов на -ин обычно образуются от названий на -а/-я (например, Литвин — Литвинов, Татарин — Татаринов), а не от «эсты». Во-вторых, в русских говорах форма Естиша зафиксирована именно как производная от Евстафия, что делает версию с именем более обоснованной.

Точное время и место возникновения фамилии Естишин установить сложно — процесс формирования фамилий у разных сословий занял несколько столетий, с XV по XIX век. Ясно одно: фамилия эта нечастая, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних регионов, где имя Евстафий в форме Естиша было в ходу.